Děkanský kostel Narození Panny Marie je nejdůležitějším svatostánkem města. Pochází z doby založení města, tedy druhé poloviny 13. století, je dílem písecko-zvíkovské stavební huti stejně jako písecký hrad či most. Trojlodní kostel se těsně přimykal k jižní straně hradeb, kolem něj se rozprostíral hřbitov, věže byly stejně vysoké. Jedna byla přistavěna v roce 1489. V kostele se na pilířích nacházejí pozdně románské a raně gotické nástěnné malby s vyobrazením Krista, Panny Marie, sv. Jana a sv. Jakuba. Na jednom z postranních oltářů je umístěna kopie deskového obrazu Písecké Madony ze 14. století, ukradeného v roce 1975. Kaple sv. Jana Nepomuckého byla přistavěna začátkem 18. století.